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『一般職の従業員については、年俸とは別に、時間外労働や休日労働に対し、割増賃金を支払わなければなりません。』
年俸制は、業績評価や本人の役割に応じて1年単位で賃金の額を決定する賃金制度ですが、労働基準法は適用されますので、実際の賃金の支払いは、毎月1回以上、所定期日に支払わなければなりません（労働基準法第24条第2項）。
同様に、年俸制の場合であっても時間外労働や休日労働に対しては、年俸とは別に、割増賃金を支払う必要があります。年俸制だからといって支払わない場合は、労働基準法第37条第1項に違反することとなります。
ただし、以下の2つの場合には、割増賃金を支払う必要はありません。
- 労働時間の規制が除外されている管理監督者又は機密事務取扱者の場合（労働基準法第41条第2号）
- みなし労働時間制の適用を受ける労働者の年俸が、みなし労働時間に応じて設定されている場合（労働基準法第38条の2〜第38条の4）
割増賃金を計算するにあたって、賞与の取り扱いについては注意が必要です。一般的に、賞与は額が確定しておらず（労働者の成績等の要因により額が変化する）、また、1カ月を超える期間ごとに支払われる賃金になることから、割増賃金の算定基礎には含まれません（労働基準法第37条第4項、施行規則第21条第5号）。しかし、年俸制で毎月払い部分と賞与部分を合計してあらかじめ年俸額が確定している場合の賞与部分は、割増賃金の基礎となる賃金から除外できる賃金に該当しません（平12.3.8基収78号）ので、賞与部分を含めて割増賃金を計算する必要があります
なお、割増賃金に相当する額を年俸に含めて支払うこともできますが、この場合にも、実際の労働時間が年間の割増賃金に相当する時間数を超えるときは、その部分について、別途割増賃金を支払わなければなりません（平12.3.8基収78号）。
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