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『就業規則等に時間外労働を命ずる旨の定めがあり、三六協定が締結されている場合、就業規則等の定めに基づき懲戒処分を課すことができます。』
残業は就業規則等に「業務上必要がある場合には残業（時間外労働）を命じることがある」旨の定めがあれば，使用者の残業命令は労働契約上根拠があるものとなり，かつ、三六協定(注)が締結されている場合には、その範囲内で残業命令を行っても違法とはなりません（日立製作所武蔵工場事件・最高裁判決 平3.11.28）。
労働者は，正当な理由（例えば、家族の介護とか育児等の家庭的事情がある場合など）がない限り、原則として残業を拒否することはできませんし、命令に従わないと処分を受ける可能性があります。
実際に残業命令を拒否した場合の罰則については法令では定められていませんので、就業規則等の制裁に関する定めによることになりますが、「業務命令違反」として懲戒処分を課す就業規則が多いようです。
なお、就業規則等に時間外労働を命ずる旨の定めや三六協定が締結されていない場合には、残業命令をする根拠がなくまた労基法に違反しますので従業員はこれを拒否することができますし、制裁処分をすることもできません。
注 ≪三六協定≫
時間外労働及び休日労働に関する規定について結ぶ労使協定は，労働基準法第36条に基づく協定であることから「三六協定」と呼ばれています。
この協定の締結当事者は，使用者と，1),事業場で使用される労働者の過半数で組織する労働組合，2), 1), がない場合においては労働者の過半数を代表する者です。
協定の内容として，1),残業をする必要がある具体的事由，2),業務の種類，3),労働者の数，4),延長することができる時間，5),有効期間について定めなければなりません。
なお，4),の延長する時間は，厚生労働大臣の定めた残業等の延長の限度基準に適合したものにしなければなりません（労働基準法第36条第2項、第3項）。
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